图1. AAV2的ITR序列的示意图。ITR由两个回文臂(B-B’和C-C’)和一个长茎回文(A-A’)组成。D序列在AAV基因组的每一端只出现一次。
腺相关病毒(AAV)是一种单链DNA病毒，在基因治疗中通常作为载体将外源基因转入患者中。AAV基因组的每条单链DNA包括两端的反向末端重复序列(ITR)和中间的2个开放性阅读框。ITR在病毒的复制和包装过程中起着关键作用，并且参与了病毒基因组在宿主基因组上的整合和逃逸过程。该序列中CG含量达80%以上，其前125bp(1～125)序列依次可分为A、B、B’、C’、C、A’等不同的区段(图1)，其中B与B’、C与C’反向互补，可形成T型发夹结构，作为AAV的DNA自我复制的起点，随后的20bp形成特有的D序列。
GENEWIZ开发了一种新型的ITR测序方法，可以改善ITR区域的测序信号并延长读取长度。
测序服务类型
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图2. 使用T公司的测序试剂盒对AAV2的ITR区域进行测序
红色下划线标记序列后的碱基“CCTGC”是一个无法成功测序的发夹结构的开端。
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图3. 使用安升达 AAV-ITR测序法测定AAV2的ITR区域的色谱图
红色下划线的序列表示图2中提到的相同序列。红框内显示完整的发夹结构。
ITR测序服务优势
有效
AAV-ITR测序方法能有效评估AAV质粒中ITR区域的完整性，迅速准确地检测到ITR区域的突变，为下游故障的排除节省时间和精力。支持
安升达的技术支持会无偿地与您探讨项目进展，解决技术难题。咨询时间为每个工作日上午8点30至下午9点。周末正常发送结果，以供您周末使用。方便
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安升达在线订单系统帮助您随时随地进行在线订购，订单进度查询以及历史数据管理。送样要求
样品类型：质粒
送样体积：体积≥10ul，每增加一个反应，送样体积增加5ul
引物要求：遵循引物设计规范，且设计的引物位置距离ITR区域150-350bp
样品浓度：浓度在200ng/ul-400ng/ul之间（最低不能低于150ng/ul，浓度过高需稀释）
样品介质：使用双蒸水溶解
其他要求：送样时需注明浓度和质粒大小，外包装需明显标注“ITR测序”字样
