精彩盘点：第四届转录组生信培训班的这三天！
7月26-28日，三十余位来自各大高校及科研所的学员朋友们齐聚金唯智苏州总部，参加由金唯智主办的“转录组生物信息分析培训班”。本期培训班程内容实用性非常强，涵盖Linux基础入门、转录组分析流程实操、数据组装软件及实操以及三代测序分析流程和比较转录组分析介绍等诸多课程。现在，让我们一起看看这三天都有哪些精彩内容吧！
开班仪式上，金唯智中国总经理吴昕博士进行了致辞，对参加此次培训班的学员们表示热烈欢迎，同时为大家介绍了目前金唯智的发展情况。金唯智专注于基因组学服务，经过二十年的发展，金唯智现已形成了围绕“读基因”、“写基因”、“编基因”的一站式基因组学全球服务网络。在高通量测序服务领域，除了拥有最先进、完备的测序平台、智能化的生物信息分析平台和强大的数据分析能力外，金唯智还拥有多项实验创新和专利。
2018年，金唯智加入Brooks Automation公司，通过整合Brooks在有关生物样品的硬件、软件、储存及分析服务等方面的技术经验，金唯智将为生命科学领域的研究人员提供“从样品到答案”的一站式解决方案。另外，吴昕博士提到，“我们举办本期培训班，也是希望能够真正的帮助到大家。通过这三天的学习，让大家在能在转录组学的研究更深入，在今后的研究中可以自己进行生信分析、实现自己的想法，这在很大程度上会提高大家的科研效率。”
本期培训班围绕Linux基础入门、转录组分析流程实操、数据组装软件及实操以及三代测序分析流程和比较转录组分析介绍等内容。
从测序发展史开始，横向地比较了主要二代测序平台的建库测序原理及应用方向，详细介绍了建库测序流程，包括转录组文库制备、双端测序流程等信息。回顾基因发展史基础上，展望未来基因研究方向：我们的研究从结构基因组学进入功能基因组学时代，从基因的表达到基因表达的调控过程，发展了10X Genomics、ATAC-seq、CRSIPR Screen等前沿的研究方向。
Linux系统的稳定性、安全性和可操作性非常适合二代测序大数据分析，所有生信分析都是在Linux远程服务器下进行。该部分课程重在讲解Linux的常用命令和进阶编辑，以实操为主，从数据库下载公共数据后的存储压缩、查找文件，将Linux下黑白的数据展示转化为Window系统下的图形展示模式。
转录组数据分析包含差异基因表达分析和表达基因结构分析，结果解读部分梳理了转录组信息分析流程、图形理解及应用，对测序数据结果解读的术语进行梳理。
详细讲解有参转录组、无参转录组和三代测序结题报告，针对报告中涉及的表格数据进行了细致解释，在展示网页版报告的同时，归类总结了浏览报告的难易点，方便后续快速掌握分析结果。
随着转录组分析流程的展开：数据指控、比对分析、定量分析，逐渐掌握各部分分析方法，进一步熟悉各种软件包的操作命令。其中，数据分析部分讲师以去除接头序列常用软件—Cutadaptor为重点，数据比对以最新的HISAT2软件为实例，定量分析部分普及RPKM和FPKM区别、对Htseq-count展示结果解读 。
承接转录组有参转录组基础分析内容，继续讲解差异分析和富集分析这两个部分，作为转录组信息最重要的分析内容，讲师从基本理论知识到软件包操作命令做了详尽的讲解。其中富集分析部分，带领学员做GO富集分析、Pathway富集分析等上机操作。
对于无参转录组的转录组本组装，理解Trinity组装原理是重点也是难点，讲师花费了2小时的时间清晰讲解组装的三步走：虫—构建k-mer库贪婪扩增、茧—聚类component、蝶—组合 de Bruijn graph 图，实际操作反复熟练。针对基因功能常用数据库如KEGG、KOG、Nr等的查询和使用进行了讲解
经过Linux系统使用培训，转录组基础分析实操、差异分析富集分析实操后，此部分带领学员学习信息分析流程搭建。以三代全长转录组为例，从三代测序原理开始，分析数据质控、CCS获得和矫正，对ISO-seq3分析命令详细讲解；数据的比对和拼接、融合基因、APA分析、新转录组本发现、lncRNA分析、基因注释数据库等一系列流程搭建中使用到的软件和命令都做了举例和流程搭建建议。
从比较转录组在适应性进化、物种形成和系统形成中应用的三篇高水平文章介绍开始，横向分析比较转录组和比较基因组的区别和应用方向，纵向的介绍了分析流程、参数设置、软件应用等，带领学员使用线上软件共同绘制了系统进化树。
为了让学员们全面了解文库构建和上机测序，本期培训班特安排了金唯智高通量基因组学中心实验室的参观之行。
在高通量基因组学中心，学员们直观的接触不同测序设备和技术平台，参观了HiSeq X Ten 、NovaSeq、PacBio Sequel、MGISEQ 2000等先进的测序平台，更清晰直观的了解了建库和测序原理。
三天的学习很快就结束了，很多学员表示收获满满啊！话不多说，放几张小伙伴们的亲笔留言，看看他们都是怎么评价的！
