高通量测序

样品制备指南

DNA样品

DNA样品建议在-20℃环境中保存。短时间保存或运输可以使用湿冰或者冰袋,4℃保存或运输。长时间运输,建议采用干冰加冰袋的方式。

测序类型
文库类型
样品要求
HiSeq X10全基因组重测序
小片段文库
1 μg以上,OD260/280: 1.8-2.0,浓度大于50 ng/μl,体积大于10 μl。琼脂糖电泳条带清晰无降解,无RNA和蛋白污染。
基因组测序
小片段文库
4 μg以上,OD260/280: 1.8-2.2,浓度大于10 ng/μl,体积大于10 μl。琼脂糖电泳条带清晰无显著降解。
Mate-pair
20 μg以上,OD260/280: 1.8-2.2,浓度大于100 ng/μl。琼脂糖电泳条带清晰无显著降解。
宏基因组测序

16S MetaVx™ 
70 ng以上,OD260/280: 1.8-2.2,浓度大于2 ng/μl,体积大于35 μl。琼脂糖电泳条带清晰无显著降解。
18S/ITS测序 
100 ng以上,OD260/280: 1.8-2.2,浓度大于5 ng/μl,体积大于35 μl。琼脂糖电泳条带清晰无显著降解。
宏基因组全基因组测序(建库成功率较常规gDNA要低)
4 μg以上,浓度大于10 ng/μl,体积大于10 μl。
染色质免疫共沉淀测序(ChIP-Seq)

20 ng以上,OD260/280: 1.8-2.2,浓度大于1 ng/μl,体积大于10 μl。
外显子测序
FFPE等特殊样品允许一定程度的降解
6 μg以上,OD260/280: 1.8-2.2,浓度大于50 ng/μl,体积大于10 μl。琼脂糖电泳条带清晰无显著降解。
扩增子测序
小片段直接建库
200 ng以上,OD260/280: 1.8-2.2,浓度大于10 ng/μl,体积大于10 μl。片段大小100 bp-500 bp之间,琼脂糖电泳条带清晰无显著降解。
需要打断
4 μg以上,OD260/280: 1.8-2.2,浓度大于10 ng/μl,体积大于10 μl。片段大于1 kb;琼脂糖电泳条带清晰无显著降解。
文库样品   浓度大于10 nM,体积大于30 μl;文库兼容相应的测序平台
(建议:1)DNA文库溶解于Illumina Resuspension Buffer(RSB)或其他品牌建库试剂盒的适当缓冲液中;
2)提供物种信息、片段大小、建库方式、Agilent 2100 Bioanalyzer质检图以及Qubit结果;
3)HiSeq文库大小介于300bp-600bp之间,MiSeq文库大小介于500 bp-800 bp之间,无引物二聚体及接头二聚体)。

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RNA样品

RNA样品建议在-80℃以下的环境中保存。短时间保存或运输可以使用干冰或者液氮。长时间运输,建议将RNA沉淀于75%乙醇中,采用足量干冰或者蓝冰运输(2 kg/day)。

说明:
1.RIN值判定:
1)由于植物会出现多条核糖体RNA条带,故有时RIN值机器无法判读或者机器判读有误,此时我们会根据Agilent 2100电泳图来判定样本是否合格。
2)对于一些特殊物种,如:蚂蚁/蟹类等节肢动物、果蝇、鱼类等,28S rRNA会被修饰成比较小的片段(一般大小和18S相似),导致28S/18S小于1,因此 RIN值与样品实际降解情况不符,此类样本我们会根据Agilent 2100电泳图来判定样本是否合格。
3)对于一些经过特殊处理的材料,RIN值与样本实际降解情况可能不相符合,我们会根据检测结果的RIN值和降解情况进行判断。
4)个别样品Agilent 2100检测的图谱与琼脂糖凝胶电泳图带型不一致,可能是样品中某些成分影响仪器读数,不能反映样品真实的带型。此时我们会根据琼脂糖电泳图来判定样品是否合格。

测序类型
物种类型
样品要求
polyA筛选建库(适用于真核生物转录组测序)
哺乳动物
4 μg以上,260/280 ≥ 2.0, RIN > 7,28S/18S ≥1.0,浓度 > 50 ng/μl,体积大于10 μl,5S峰正常。
昆虫
4 μg以上,260/280 ≥ 2.0, 浓度 > 50 ng/μl,体积大于10 μl,基线无上抬,5S峰正常。
植物、真菌、酵母菌、其他动物
4 μg以上,260/280 ≥ 2.0, RIN > 6.5,28S/18S ≥1.0,浓度 > 50 ng/μl,体积大于10 μl,5S峰正常。
rRNA去除建库(适用于真核lncRNA测序及原核生物转录组)
真核生物(lncRNA)  
8 μg以上,260/280 ≥ 2.0, RIN > 7,23S/16S ≥1.0,浓度 > 100 ng/μl,体积大于10 μl,5S峰正常。
原核生物
小RNA测序
哺乳动物
4 μg以上,260/280 ≥ 2.0, RIN > 8,28S/18S ≥1.0,浓度 > 50 ng/μl,体积大于10 μl,5S峰正常。
昆虫 4 μg以上,260/280 ≥ 2.0, 浓度 > 50 ng/μl,体积大于10μl,基线无上抬,5S峰正常。
植物、真菌、酵母菌、其他动物
4 μg以上,260/280 ≥ 2.0, RIN > 7.5,28S/18S ≥1.0,浓度 > 50 ng/μl,体积大于10 μl,5S峰正常。
宏转录组
由于受样品来源和杂质含量等影响较大,宏转录组样品建库比常规转录组建库成功率要低
4 μg以上,浓度大于50 ng/μl,体积大于10 μl。

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组织样品

组织样品根据后续实验需要,如果需要提取DNA,短时间保存或运输可以使用冰袋,4℃保存或运输;长时间运输建议采用干冰加冰袋的方式。如果需要提取RNA,请使用干冰或液氮运输,并参考合同中的送样要求。
特殊样品或有潜在致病性的样品,请跟金唯智专业团队沟通确认送样和运输要求。
请将样品名称标记清楚,将样品管置于50ml离心管或样品盒中,再用泡沫塑料或棉花等妥善包裹,保证样品到达实验室的时候状态良好,不破不漏。

DNA

不同类型样品DNA产量差异较大,请根据样品实际情况酌情送样,并保证能够提取得到对应测序文库构建所需要的DNA产量。用于DNA相关测序服务的组织样品,无特殊说明,均采用冰袋运输。

样品类型 样品要求(DNA)
血液 2 ml以上新鲜或者冷冻保存的抗凝血(全血或从全血中提取的白细胞),推荐使用EDTA抗凝剂,不能用肝素抗凝,以免影响实验。
离体组织 1 g以上动物组织,2g以上植物组织。
细胞 1X107个以上。
细菌样品 1 g以上菌体沉淀(大约10ml以上对数生长期菌液离心),mate-pair文库需要3~5 g以上菌体沉淀(大约30ml以上对数生长期菌液离心)。
FFPE 样品 至少10张未经HE染色处理的切片,厚度不小于5微米,切片上组织区域面积应大于等于25平方毫米,其中有核细胞的数量占所有细胞的80%以上,肿瘤细胞组织区域的含量在70%以上。
16S/ITS/18S测序样品 常规样品2 g以上沉淀,水样10 ml以上,根据微生物丰度具体确定。
宏基因组样品 常规样品5 g以上沉淀,水样25 ml以上,根据微生物丰度具体确定。
其他类型样品请咨询金唯智项目管理团队

叶绿体提取与高通量测序样品要求

60g以上幼嫩叶片,遮光生长24h,新鲜取样后冰袋寄送,选择最快的送样方式。为了确保实验室能在收样当天进行处理,请确保样品在周一到周四期间到达实验室。叶绿体DNA文库构建用量与常规DNA文库构建用量相同。

RNA

不同类型样品RNA产量差异较大,请根据样品实际情况酌情送样,并保证能够提取得到对应测序文库构建所需要的核酸产量。用于RNA相关测序服务的组织样品,无特殊说明,均采用干冰或液氮运输。

样品类型 样品要求(RNA)
血液 5 ml以上全血收集的淋巴细胞,鸟类或鱼类可适当减少送样量。建议将淋巴细胞用20倍体积TRIzol LS充分裂解。客户也可以直接寄送液氮速冻的全血样品,建议向新鲜血液中加入3倍体积的TRIzol LS裂解液,干冰寄送,并承担提取风险。
新鲜组织
动物组织500 mg以上,含肌纤维或脂肪等组织的样品RNA含量较低,送样量需增加。植物组织1 g以上,含多糖多酚等的复杂植物组织,请尽可能多的送样。新鲜组织建议清洗后用锡箔纸包裹或EP管分装,在3 min内进行液氮速冻。
细胞 5X106个以上。请清洗后离心沉淀,用TRIzol充分裂解并寄送。
细菌样品 500 mg以上新鲜菌体沉淀(大约5 ml以上对数生长期菌液离心) ,在3 min内进行液氮速冻。菌类样品不建议保存于TRIzol裂解中送样。
免疫组库高通量测序样品
客户自行收集血液中的PBMC细胞,细胞总数在1X106-5X106之间,用1ml TRIzol充分裂解,干冰寄送。
其他类型样品请咨询金唯智项目管理团队

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高风险样品

下列高风险样品请您自行提取RNA,如您坚持送样,需承担提取风险和责任,正常收费。

样品类型
说明
常年保存或反复冻融样品 RNA质量会受影响,提取风险加大,不建议送样。
微量组织 动物组织量<20 mg,植物组织量<20 mg,细胞数<105,全血量<2 mL(鸟类),全血量<3 mL(其它动物)等。主要针对珍贵稀缺样本,鉴于样品特殊和珍贵程度,此类样品不接收RNA提取工作,请您自行提取。
困难或特殊样品 多糖多酚含量异常高的植物老根、成熟米粒、花粉、花蕾、种子、青稞、草莓果实、松树、藻类、棉花组织、菌类,成分异常复杂的肿瘤组织,牛奶,尿液等。鉴于此类样品提取方法不成熟,为免来回送样影响合作伙伴研究进度,请您自行提取。
血浆、尿液等液体 RNA提取风险较大,得率很低。建议使用TRIzol LS等处理液体样品效果好的裂解液进行处理,使用比例(体积比)TRIzol LS:液体样品=3:1。如是全血等杂质较多的样品,请事先用无RNA酶的水进行1:1稀释。

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寄送信息

通过快递直接寄送(顺丰):
如果您所在地点附近没有样品箱,或者您的起始材料需要干冰保存,请使用快递服务,例如顺丰快递。请将样品名称标记清楚,将样品管置于50ml离心管或样品盒中,再用泡沫塑料或棉花等妥善包裹,保证样品到达实验室的时候状态良好,不破不漏。材料中必须附加一份《金唯智NGS测序样品信息表》打印副本,并填写相关样品信息。

请将样品邮寄至:

收件人:金唯智基因组学中心
地址:江苏省苏州市工业园区若水路99号绍钧楼4层
邮编:215000
电话:15599039790

通过金唯智样品箱(如有):
在室温下稳定的起始材料可通过金唯智样品箱(如有)提交。请将样品名称标记清楚,将样品管置于50ml离心管或样品盒中,再用泡沫塑料或棉花等妥善包裹,保证样品到达实验室的时候状态良好,不破不漏。材料中必须附加一份《金唯智NGS测序样品信息表》打印副本,并填写相关样品信息。如需询问您所在地点附近的样品箱取件服务,或者您对样品箱有任何疑问,请联系Public.Sales@genewiz.com.cn