解锁新技能 | “转录组生物信息分析培训班”精彩内容分享

2018年7月27日至29日，来自全国十余家科研单位的三十多位研究人员齐聚金唯智中国苏州总部，参加了由金唯智主办的“转录组生物信息分析培训班”。

三天时间，六位授课专家围绕转录组数据分析倾囊相授，与会老师们认真聆听、求知若渴。小编为您梳理了一下本次培训班的花絮剪影，让我们在光影的穿梭和文字的沉淀间，一同品味求知与分享的快乐。

基因组研究的助推器

开班仪式上，金唯智全球高通量测序副总裁Ginger Zhou 博士为参加本次研讨班的老师们介绍了金唯智的业务发展情况，并分享了自己在高通量测序领域的一些行业感悟。

Dr. Ginger Zhou为学员介绍金唯智的一站式基因组学服务

作为基因组研究的助推器，过去十九年里，依托分布在全球的15个卫星实验室，金唯智形成了围绕“读基因”、“写基因”、“改基因”的一站式基因组学全球服务网络。在高通量测序领域，金唯智除了拥有最先进、完备的测序平台和强大的数据分析能力外，还拥有多项实验创新和专利，能够为科研人员在提供最全面的基因组学解决方案。

目前，金唯智已经推出了基于高深度全基因组重测序的基因编辑脱靶分析服务。未来，随着BT+IT技术的深入结合，我们期待能给科研人员带来更多的便利。

循序渐进，由浅入深

本次课程主要针对生信分析零基础学员，内容涵盖从课题设计、数据质控等基础知识普及到结题报告解读、个性化分析参数调整、高级分析常用工具等方面。循序渐进展开，理论介绍和上机实践相结合，为学员后续进一步学习和使用转录组数据分析的相关工具打下了扎实的基础。

 

干货分享

 

讲师：徐琳——转录组测序技术概述和高通量测序前沿进展

从测序发展史开始，横向地比较了主要二代测序平台的建库测序原理及应用方向，详细介绍了建库测序流程，包括文库制备、芯片制备、双端测序流程、数据分析等。在此基础上，本部分课程讲解转录组数据深度挖掘：如何寻找功能基因、模块分析关联表型;回顾基因发展史基础上，展望未来基因研究方向：我们的研究从结构基因组学进入功能基因组学时代，从基因的表达到基因表达的调控过程，全转录组和外泌体检测成为主流和前沿的研究方向。

 

讲师：潘兵——Linux基础培训

Linux系统的稳定性、安全性和可操作性非常适合二代测序大数据分析，所有生信分析都是在Linux远程服务器下进行。该部分课程重在讲解Linux的常用命令和进阶编辑，以实操为主，从数据库下载公共数据后的存储压缩、查找文件，将Linux下黑白的数据展示转化为Window系统下的图形展示模式。

 

讲师：陶春梅——mRNA结果解读及数据挖掘

转录组数据分析包含差异基因表达分析和表达基因结构分析，结果解读部分梳理了转录组信息分析流程、图形理解及应用，对测序数据结果解读的术语进行梳理。最后，针对数据深入挖掘应用部分：可变剪切分析、RNA编辑、时序性分析、基因共表达网络、PPI分析、DEU分析等等，讲师结合最近热点《我不是药神》里慢性粒细胞白血病的发现，讲述基因融合在其中的应用。

 

讲师：江妤——有参转录组基础培训

随着转录组分析流程的展开：数据分析、比对分析、定量分析、差异分析等，逐渐掌握各部分分析方法，进一步熟悉各种软件包的操作命令。其中，数据分析部分讲师以去除接头序列常用软件—Cutadaptor为重点，数据比对以最新的HISAT2软件为实例，定量分析部分普及RPKM和FPKM区别、对Htseq-count展示结果解读，差异分析部分调用R包软件熟悉R环境。

 

讲师：李杰——无参转录组组装、注释及流程简介

对于无参转录组的转录组本组装，理解Trinity组装原理是重点也是难点，讲师花费了2小时的时间清晰讲解组装的三步走：虫—构建k-mer库贪婪扩增、茧—聚类component、蝶—组合 de Bruijn graph 图，实际操作反复熟练。针对基因功能常用数据库如KEGG、KOG、Nr等的查询和使用进行了讲解。

 

讲师：王涛——Plotly 数据可视化和Circos作图

在一套完整的标准分析流程介绍后，更多的是一些针对课题设计或者文章需求的个性化分析，Plotly 数据可视化和Circos图形制作正好满足需求。Plotly是一个用于做分析和可视化的在线平台，曾被网友称为“有史以来最牛”可视化神器;Circos主要用于基因组序列相关数据的可视化，将SNP、InDel、SV和甲基化等信息同时展示，在转录组数据分析应用中可以展示基因融合信息。

学员们沉浸在课程内容中

授课老师1对1指导

要做数据分析，先知数据生成

全面的了解文库构建和上机测序， 直观的接触不同测序设备和技术平台，有助于学员更好的理解数据的生成以及后续的数据分析处理。在金唯智高通量基因组学中心实验室，学员们参观了HiSeq X Ten 和 NovaSeq等先进的测序平台，观摩了Illumina测序平台的核心部件FlowCell芯片的构造，更清晰直观的了解了建库和测序原理。

学员们参观金唯智-SISO高通量基因组学中心

美好的时光总是短暂的，短短三天的时间，我们有幸为老师们分享了转录组数据分析上的心得和经验，而他/她们也教给了我们什么是严谨认真，什么是求知若渴。

 

学员评价

 

本次培训班也受到了学员们的一致好评，有图才有真相，我们不妨看看老师们是怎么评价的吧!

空间有限，暂且呈现这几位老师的墨宝。能写这么多字的评价，肯定是真爱啦!没能参与进来的您，是否有些心动?悄悄告诉你们，更多精彩培训已在紧密筹划中……

 

相约八月，微生物信息分析培训班

微生物信息分析培训班覆盖了微生物组的多个产品，从研究微生物组成与丰度的菌群多样性，到研究微生物种群结构、基因功能活性以及互作关系的宏基因组，更有单菌基因组组装，让你了解三代组装出的细菌完成图。