腺相关病毒(AAV)是一种单链DNA病毒，在基因治疗中通常作为载体将外源基因转入患者中。AAV基因组的每条单链DNA包括两端的反向末端重复序列(ITR)和中间的2个开放性阅读框。ITR在病毒的复制和包装过程中起着关键作用，并且参与了病毒基因组在宿主基因组上的整合和逃逸过程。该序列中CG含量达80%以上，其前125bp(1～125)序列依次可分为A、B、B’、C’、C、A’等不同的区段(图1)，其中B与B’、C与C’反向互补，可形成T型发夹结构，作为AAV的DNA自我复制的起点，随后的20bp形成特有的D序列。

GENEWIZ开发了一种新型的ITR测序方法，可以改善ITR区域的测序信号并延长读取长度。