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基因组De novo测序

全基因组de novo测序(de novo sequencing)也称为从头测序,不需要任何基因序列信息即可对某个物种进行测序,用生物信息学的分析方法对序列进行拼接、组装,从而获得该物种的基因组序列图谱。

金唯智基于三代测序PacBio技术手段,对动植物基因组进行组装和基本分析,同时结合BioNano光学图谱,提升组装版本,获得高质量基因组序列,为该物种的基因组学研究奠定基础。


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金唯智基因组de novo测序服务参数

     标准服务 升级服务 
    技术参数 PacBio(50X)+BioNano(100X)

    PacBio(70X)+BioNano(100X)

    分析软件 SMRT Link / Falcon / Canu SuperGenome
    组装指标

    Contig N50>200K,Scaffold N50>1M

    Contig N50>5M,Scaffold N50>10M

金唯智基因组de novo测序服务优势

根据不同的项目需求设计不同的实验方案
利用SuperGenome升级组装,使Contig N50长度提升5~10倍
针对不同物种选取合适的分析软件及流程

SuperGenome分析结果展示

将已发表的玉米、水稻及人的数据,利用SuperGenome重新组装,在保证拼接完整性、不丢失基因组序列的前提下,Contig数目减少,Contig N50长度提升5~10倍。

SuperGenome分析结果

生物信息学分析

    基因组survey 基因组组装 基因组注释 

    基因组特征评估

    • 基因组大小预估
    • 杂合度预估
    • 重复序列预估
    • 基因组预组装

     

    组装结果评估

    重复序列注释

    基因结构注释

    基因功能注释

    非编码RNA注释

高通量测序平台

金唯智的高通量测序平台包括Illumina HiSeq X Ten,HiSeq,MiSeq,PacBio Sequel和Ion PGM™。

可提供多种测序读长、通量和时间周期选择,满足各类科研及应用需求对成本和速度的差异化需求。

如需了解不同NGS平台的更多相关信息以及推荐平台的规格说明,请访问高通量测序平台页面。

金唯智是Illumina和Ion Torrent认证的测序服务商,可以快速交付高品质的测序数据。