标准转录组测序

标准转录组测序包括真核转录组（mRNA）测序和原核转录组（mRNA）测序，可全面快速地获得某一物种特定细胞或组织在某一状态下的几乎所有的转录本及基因序列，可用于研究基因结构和基因功能、可变剪接和新转录本预测等。

长链非编码RNA（lncRNA）测序

长链非编码RNA（lncRNA）测序能区分转录本来自正义链还是反义链，提供有关特定链的基因表达信息。该项测序技术帮助分析等位基因的特定表达，对于基因功能分析有十分重要的意义。

小RNA测序

小RNA测序能够分析通常在转录和转录后阶段调控基因的小RNA和microRNAs。现已证明小RNAs可调控多种生物学过程，其中包括发育、细胞分化和细胞凋亡。

单细胞转录组测序

单细胞转录组测序能够对低起始量的总RNA样本（如10pg）及溶解液中的单细胞进行基因表达定量、功能富集等分析。当前流行的研究主要涉及对荧光激活细胞分选（FACS）或其他分离方法得到的细胞进行分析。