生物细胞DNA分子的一级结构中既具有保守的片段,又具有变化的碱基序列。保守的片段反映了生物物种间的亲缘关系,而高变片段则能表明物种间的差异。利用保守区设计引物扩增高变区进而进行比对分析,就能区分不同的物种信息。
通过扩增测序的方法进行菌种鉴定,大多只能鉴定到属,如需鉴定至种,还要如DNA杂交,生理生化指标等的综合判断。
测序结果出现套峰的可能原因:
1)测序结果个别碱基出现N,或者部分连续出现套峰,是由菌种rDNA多态性造成,对菌种鉴定无影响;
2)所有测序反应均出现大面积套峰,由于客户提供样品模板不纯造成,这种情况需要客户重新纯化菌种或进行TA克隆。
通过普通PCR筛选得到适宜引物,然后进行荧光PCR扩增,扩增产物进行毛细管电泳分析并根据大小分离等位基因进行检测。
PCR扩增后的等位微卫星可以用多种方法检测,传统采用聚丙烯酰胺凝胶电泳加放射显影或银染的方法,费时费力效率低。安升达采用ABI遗传分析仪对荧光标记DNA片段进行检测,加上分子量内标进行DNA片段长度计算,使STR分型变得高效快捷,结果也更加精确可靠。