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转录组测序研究怎么做?



一、什么是全转录组?

全转录组是指特定组织或细胞在特定状态下转录出的所有转录本信息的总和,包含mRNA,small RNA,lncRNA,circRNA等编码和非编码RNA。转录组学作为科学研究的基础,其研究意义的重要性众所周知。近年来,除了魅力不减当年的miRNA、炙手可热的lncRNA外,ceRNA分析也开始崭露头角,成为科研界的耀眼明星。

二、为什么做全转录组测序?

想解答这个问题,咱们先来聊聊什么是ceRNA。

ceRNA (competing endogenousRNA,竞争性内源RNA) 并不是新的RNA分子,而是一种全新的基因表达调控模式,ceRNA假说揭示了一种RNA间相互作用的新机制

转录组测序

ceRNA—竞争性内源RNA

mRNA或ncRNA上存在可被miRNA结合的区域,即MREs功能元件,包含同源MREs的RNA分子可竞争性的结合miRNA。已知miRNA可通过结合靶基因导致基因沉默,所以ceRNA可以通过竞争性地结合miRNA来调控靶基因的表达[1]。

目前,单一的mRNA或ncRNA研究已不能满足科研需求,结合多种RNA信息进行ceRNA联合分析,探究其潜在的调控网络机制已成为解释生物学现象的利器!

三、全转录组测序怎么做?

全转录组测序即应用RNA-seq技术,通过构建两种文库—小RNA文库和去核糖体的链特异性文库,可一次性分析4种RNA (miRNA,lncRNA,mRNA,circRNA) 信息。