基因组De novo测序

全基因组de novo测序(de novo sequencing)也称为从头测序,不需要任何基因序列信息即可对某个物种进行测序,用生物信息学的分析方法对序列进行拼接、组装,从而获得该物种的基因组序列图谱。

金唯智基于三代测序PacBio技术手段,对动植物基因组进行组装和基本分析,同时结合BioNano光学图谱,提升组装版本,获得高质量基因组序列,为该物种的基因组学研究奠定基础。


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    金唯智基因组de novo测序服务参数

    标准服务  升级服务 
    技术参数  PacBio(50X)+BioNano(100X) PacBio(70X)+BioNano(100X)
     分析软件  SMRT Link / Falcon / Canu  SuperGenome
     组装指标  Contig N50>200K,Scaffold N50>1M  Contig N50>5M,Scaffold N50>10M
             

    金唯智基因组de novo测序服务优势

    根据不同的项目需求设计不同的实验方案
    利用SuperGenome升级组装,使Contig N50长度提升5~10倍
    针对不同物种选取合适的分析软件及流程

    SuperGenome分析结果展示

    将已发表的玉米、水稻及人的数据,利用SuperGenome重新组装,在保证拼接完整性、不丢失基因组序列的前提下,Contig数目减少,Contig N50长度提升5~10倍。

     

    SuperGenome分析结果展示

    将已发表的玉米、水稻及人的数据,利用SuperGenome重新组装,在保证拼接完整性、不丢失基因组序列的前提下,Contig数目减少,Contig N50长度提升5~10倍。

       Rice Nagia22 Maize B73  Human HX1 
       Published  SuperGenome  Published  SuperGenome  Published  SuperGenome
     N  912  56  2,790  706  5,915  1,454
     N:n50  112  10  506  54  103  25
     N:n90  450  27  1,613  190  536  122
     Min  3.336  82031  1,945  28,410  2  2,502
     N95  123,289  4,293,542  250,684  1,278,145  149,819  896,491
     N90  197,151  5,278,830  388,549  2,379,755  576,618  2,475,108
     N50  946,210  14,270,486  1,279,870  7,693,311  8,200,456  32,645,641
     Max  3,538,062  31,640,606  7,264,800  44,889,389  38,177,111  108,215,793
     Sum  362 Mb  385 Mb  2.1Gb  2.1Gb  2.89Gb  2.89Gb
           

    生物信息学分析

      基因组surcey 基因组组装 基因组注释

      基因组特征评估

      • 基因组大小预估
      • 杂合度预估
      • 重复序列预估
      • 基因组预组装
       组装结果评估

      重复序列注释

      基因结构注释

      基因功能注释

      非编码RNA注释

             

      高通量测序平台

      金唯智的高通量测序平台包括Illumina  NovaSeq,HiSeq X Ten,HiSeq,MiSeq,PacBio Sequel、10X Genomics及MGISEQ-2000。
      可提供多种测序读长、通量和时间周期选择,满足各类科研及应用需求对成本和速度的差异化需求。
      如需了解不同NGS平台的更多相关信息以及推荐平台的规格说明,请访问高通量测序平台页面。

      20210402-1
      20210402-2

       

       

       

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